Program studiów UNIGIS odpowiada standardom światowym (GIS&T Body of Knowledge), nawiązując również do polskich realiów i doświadczeń.

Zasadniczą część programu stanowią cztery e-learningowe moduły obligatoryjne (32 ECTS), w których omawiane są najważniejsze zagadnienia z zakresu GIS oraz warsztaty stacjonarne (8 ECTS).

Ponadto wymagane jest zaliczenie określonej ilości zajęć uzupełniających (5 ECTS), na które składają się moduły opcjonalne poświęcone zagadnieniom specjalistycznym i zastosowaniom GIS oraz zajęcia dodatkowe samodzielnie realizowane przez słuchacza (kursy w ESRI Academy, szkolenia, seminaria, konferencje).

Do uzyskania świadectwa ukończenia studiów podyplomowych Uniwersytetu Jagiellońskiego wymagane jest zdobycie 45 ECTS.